La manière de traiter en Science Chrétienne est bien expliquée dans le livre de texte Scientiste Chrétien, Science et Santé avec la Clef des Écritures, par Mary Baker Eddy. L'un des plus longs chapitres de cet ouvrage a pour titre « Pratique de la Science Chrétienne. Les trente-deux dernières pages, dont le soustitre est « Traitement mental illustré, » se terminent par une allégorie (pp. 430–442). Là Mrs. Eddy montre que si le Scientiste ne guérit) pas très vite son patient ou lui-même, il devrait avoir méthodiquement recours aux faits scientifiques de l'être; alors, spirituellement fortifié, il détruira l'une après l'autre par son plaidoyer — comme le ferait un avocat devant le tribunal — les fausses croyances tenues pour vraies. Si elle se conforme au Principe et aux règles de la Science Chrétienne, cette réfutation mentale met en lumière la santé, l'harmonie que Dieu donne à l'homme. La Science Chrétienne révèle que les forces cataclysmiques — maladie, pauvreté, malheur, péché ou mort — sont simplement l'objectivation de croyances erronées, tenues pour réelles par ignorance. Donc quand le traitement de la Science Chrétienne détruit la prétendue réalité d'une croyance, il efface non seulement celle-ci, mais encore sa manifestation visible. Paul pensait sans doute à ce fait scientifique lorsqu'il écrivait (Rom. 12:2): « Soyez transformés par le renouvellement de votre esprit. »
Dans l'allégorie du procès, Mrs. Eddy montre que si l'on a recours aux arguments pour traiter en Science Chrétienne, il faut affirmer la vérité d'une façon systématique, approfondie, précise, et d'autre part nier catégoriquement les erreurs que la croyance mortelle rattache au problème. Les erreurs qui ne sont pas condamnées mais restent dans la pensée du patient s'y fixent toujours davantage, augmentent, et par conséquent aggravent le cas. Sous la rubrique marginale « Arguments véridiques, » Mrs. Eddy déclare à la page 418 de Science et Santé: « Quelle que soit la croyance, si l'on se sert d'arguments pour la détruire, il faut rejeter la croyance, et la négation doit s'étendre à la prétendue maladie et à tout ce qui en détermine le type et les symptômes. En outre à la page 79, elle écrit: «Il faut que la Science retourne tout le terrain et déterre chacune des graines que l'erreur a semées. »
Aux heures de maladie, de péril ou de tentation, nous aurions lieu de nous dire: « Vais-je permettre que mon procès soit jugé par un tribunal inférieur, la Cour d'Erreur, où nul ne me défendra contre le témoignage et les arguments de la Fausse Croyance, où les Entendements Mortels — Materia Medica, Anatomie, Physiologie, Hypnotisme, Envie, Cupidité, Ingratitude — constituent un jury incompétent qui doit dire si je suis innocent ou coupable? Ne ferai-je pas tout de suite appel à la Cour Suprême de l'Esprit où la Science Chrétienne sera mon avocate, et où mon innocence pourra être attestée par les Sens Spirituels, seuls capables de voir ma perfection réelle en tant que fils de Dieu? Si l'on s'est déjà laissé juger et condamner par la Cour d'Erreur, il n'est jamais trop tard pour prendre garde à l'appel du Christ, de la Vérité, ami constant des mortels; on peut alors en appeler à la Cour Suprême de l'Esprit, où le verdict de culpabilité rendu par les jurés devant la Cour d'Erreur est toujours annulé conformément aux suprêmes lois de Dieu, du bien. Dans l'allégorie, le Président de la Cour Suprême adresse au Jury des Sens Spirituels ces paroles convaincantes (ibid., p. 441): « Le Tribunal Suprême se prononce en faveur de l'intelligence, attendu qu'aucune loi en dehors de l'Entendement divin ne peut ni punir, ni récompenser Homme Mortel. »
