La vie de presque tous les grands réformateurs religieux suit un schéma qu'on appelle en mythologie le parcours du héros. Le héros quitte le confort et la sécurité d'un foyer pour partir à l'aventure, à la recherche d'un territoire inconnu. Pendant cette période de « traversée du désert », il doit passer par des épreuves qui exigent des aptitudes bien supérieures à celles déjà acquises.
En prenant conscience de l'existence d'une source plus élevée de sagesse que les chrétiens appellent Dieu le héros rempote la victoire, trouve la lumière et rejoint le monde, transformé, enrichi de quelque chose à donner aux autres.
La vie de Mary Baker Eddy suit ce schéma de bien des façons. Elle acquit la certitude que les guérisons mentionnées dans la Bible et accomplies en s'en remettant au pouvoir de Dieu, des guérisons qui défient toutes les lois connues de la physique ou de la médecine, ont une explication scientifique. En priant et en étudiant la Bible, elle découvrit cette explication qui lui rendit la santé, non seulement à elle mais aussi à beaucoup d'autres personnes qui lui avaient demandé de l'aide.
Pour poursuivre son but il lui faudrait fonder sa propre Église.
Au milieu de son existence, après des années de lutte dans le « désert », elle était enfin parvenue à terrasser le dragon de la maladie chronique et à sonder encore plus profondément la nature de Dieu et de l'univers. Ce qu'elle choisit d'accomplir avec cette connaissance fit d'elle un personnage public. Dans son autobiographie, Rétrospection et introspection, elle écrit: « Le motif de mes premiers labeurs n'a jamais changé. C'était de soulager les souffrances de l'humanité par un système sanitaire qui devait contenir toute réforme morale et religieuse. » (p. 30)
Néanmoins, le monde n'a pas tout de suite accepté ce qu'elle avait à offrir. Les autorités religieuses patriarcales n'étaient pas disposées à croire que Dieu révèlerait quelque chose d'une grande importance à une femme. Un incident qui s'est produit alors qu'elle était venue donner une série de conférences dans le Rhode Island illustre bien le genre de guérison qu'elle accomplissait et l'accueil que ce travail recevait. Elle se rendit chez une femme recevait. qui souffrait d'une maladie due à une blessure occasionnée par une opération chirurgicale lors de la naissance de son dernier enfant. On lui avait dit qu'il lui serait impossible de donner naissance à un autre bébé. Les médecins l'avaient abandonnée; elle était si près de mourir qu'on avait déjà préparé les vêtements qu'elle devait porter lors de son enterrement. Mary Baker Eddy s'approcha d'elle et pria. Au bout de quinze minutes, la malade se leva et s'habilla. Elle allait parfaitement bien. Plus tard, son bébé naquit sans complications et pesait six kilos. La mère écrivit à Mary Baker Eddy: « Je n'avais encore jamais souffert aussi peu à la naissance d'un enfant. Au lieu de se réjouir du rétablissement de cette femme, les médecins et le clergé de la ville firent arracher les affiches qui annonçaient la prochaine conférence de Mary Baker Eddy et refusèrent de la laisser parler dans leurs salles ou leurs églises (voir ibid., p. 40).
Elle avait espéré que sa découverte serait accueillie à bras ouverts par les églises déjà établies. Or, il devint évident que pour poursuivre le but qu'elle s'était fixé soulager les souffrances du monde il lui faudrait fonder sa propre Église. Ce qu'elle créa est, selon ses propres termes, « une église destinée à commémorer la parole et les œuvres de notre Maître, et à rétablir le christianisme primitif et son rétablir perdu de guérison (Manuel de l'Église, p. 17).
