La découverte de la Science Chrétienne par Mrs. Eddy donna au mot « métaphysique » une signification beaucoup plus élevée et plus pure que ce terme n'avait connu jusqu'alors. L'usage qu'elle en fit pour décrire un système de guérison et de rédemption fondé sur la totalité de Dieu l'éleva au-dessus de la philosophie spéculative et au-dessus des méthodes de guérison fondées sur l'entendement humain.
Dans le livre d'étude de la Science Chrétienne, Mrs. Eddy écrit: « La métaphysique est au-dessus de la physique, et la matière n'entre ni dans les prémisses ni dans les conclusions métaphysiques. Les catégories de la métaphysique reposent sur une seule base, l'Entendement divin. La métaphysique résout les choses en pensées et remplace les objets des sens par les idées de l'Ame. » Science et Santé, p. 269.
Un métaphysicien est donc celui qui contemple les idées spirituelles de l'Ame, les faits spirituels de l'être tels qu'ils existent dans la Science divine et qui applique ces idées à des problèmes spécifiques dans le but de les résoudre. La métaphysique chrétienne montre qu'il n'existe qu'un seul Entendement, infini et parfait, et une seule manifestation infinie de l'Entendement: l'homme spirituel, l'image de l'Entendement. La matière est considérée comme une formulation erronée de l'Entendement, puisque la nature et la substance de l'Entendement infini doivent être Esprit. L'homme et l'univers sont composés d'idées spirituelles, exprimant l'unique Entendement. Toute intelligence, sagesse et discernement émanent de l'Entendement, Dieu. Toutes prémisses et conclusions métaphysiques sont fondées sur le fait qu'il existe un seul Entendement parfait et infini et son expression parfaite, l'homme.
