Ceux qui sont étrangers à la Science Chrétienne pourraient se demander comment il est possible à la pensée spirituelle de transformer des états matériels et comment les moyens spirituels réussissent à guérir un corps généralement considéré comme matériel. En effet, le mot « miracle » implique un événement contraire à la loi naturelle ou à l'ordre habituel des choses, et l'emploi de ce mot pour la guérison spirituelle suppose l'impossibilité complète et avouée de contrôler par la pensée ce que la plupart croient matériel.
Ce scepticisme naît d'une compréhension déficiente des rapports qui existent entre la conscience et le corps: d'une croyance que la matière est une substance, existant indépendamment de la pensée et créée bien longtemps avant l'apparition de la pensée humaine. La plupart croient que l'être humain est en partie physique, en partie mental, et que sa pensée a une influence réduite ou nulle sur presque toutes ses fonctions corporelles.
Ni les naturalistes, ni les philosophes n'ont pu tomber d'accord sur l'importance relative à accorder à la conscience et au corps supposé matériel, ou sur leurs rapports réciproques. Les théories vont du pur matérialisme, affirmant que la conscience est la manifestation ou le résultat de réactions chimiques et physiques très complexes dont les cellules constitutives du cerveau sont le siège, à l'idéalisme, où la matière devient une forme de pensée existant dans la conscience comme image mentale. Mais fort peu de philosophes idéalistes paraissent avoir atteint quelque contrôle sur cette forme de pensée qu'ils identifient à la matière; presque tous les philosophes admettent sans réserve que le cerveau est le siège de la pensée et attachent une grande importance à l'évidence des sens physiques.
