La prière permet de comprendre les Écritures au point d'en démontrer le pouvoir guérisseur scientifique. Le premier chapitre du livre de texte Scientiste Chrétien, Science et Santé avec la Clef des Écritures, par Mary Baker Eddy, a pour titre « La Prière ». Ce chapitre contient beaucoup d'énoncés remarquables, par exemple celui-ci (p. 16): « La prière la plus élevée n'est pas simplement la prière de la foi; elle est démonstration. Une telle prière guérit la maladie et détruit forcément le péché et la mort. »
Certains croient que la prière est trop spéculative pour être d'un usage pratique. Cependant la seule chose spéculative à cet égard se trouve dans la pensée des gens qui acceptent ce point de vue. Les Scientistes Chrétiens savent que la prière est un bienfait positif; chaque jour ils prouvent combien sont vraies les paroles de Jacques dans son épître (5:16): « La prière du juste, faite avec ferveur, a une grande puissance. » En Science Chrétienne toutes les guérisons s'accomplissent par la prière scientifique.
Mais quelle est la nature distinctive de la prière scientifique? En somme, c'est un état de pensée spirituellement inspiré où les idées divines de la Vérité sont accessibles aux humains. Quand elles deviennent actives dans la conscience du disciple, ces idées guérissent; elles apportent une satisfaction intérieure que ne peuvent procurer les plus riches cérémonies ou la répétition dogmatique de certaines paroles.
