Ceux qui comprennent au moins dans une certaine mesure la pratique de la Science Chrétienne regrettent beaucoup qu'à notre époque l'usage de l'hypnotisme pour guérir les malades ou pour mettre fin à la douleur, tende à se généraliser. L'hypnotisme n'est pas un remède vraiment curatif, car il entraîne l'usage despotique de la volonté mortelle, le pouvoir d'un entendement humain sur un autre. L'on peut facilement comprendre le danger d'un rapport de ce genre dont toute base morale est absente et qui peut être fort mal employé. Au contraire la pratique de la Science Chrétienne repose sur le fait que l'Entendement divin gouverne sa propre idée — l'homme créé à l'image de Dieu.
L'hypnotisme ne joue aucun rôle dans la méthode de la Science, qui révèle les bénédictions accompagnant les rapports du Père avec Ses fils bien-aimés. Au fond, la Science Chrétienne renverse le despotisme humain et nous affranchit de la domination personnelle. Mary Baker Eddy, dans Science et Santé avec la Clef des Écritures, montre la différence entre sa méthode et celle de l'hypnotiseur; en effet, sous la rubrique marginale: « La Science contre l'hypnotisme » (p. 375), elle écrit: « Le Scientiste Chrétien démontre que l'Entendement divin guérit, tandis que l'hypnotiseur dépossède le patient de son individualité afin de le mettre sous son influence. » Quelques lignes plus loin elle ajoute: « Le vrai Scientiste Chrétien augmente le pouvoir mental et moral de son patient et accroît sa spiritualité pendant qu'il le rétablit physiquement par l'Amour divin. »
La Science Chrétienne ne pourrait produire ses guérisons remarquables si les qualités de Dieu, de l'Amour, n'étaient pas employées dans la pratique mentale scientifique. Le pouvoir de cette religion repose uniquement sur le fait que les données matérielles doivent se soumettre à l'élément divin. Loin d'avoir recours à la volonté humaine pour changer des conditions matérielles, la Science démontre la volonté divine éliminant tout ce qui ne procède pas de Dieu.
L'hypnotiseur croit à la réalité de la matière et s'efforce de modifier les conditions matérielles. Mais le Scientiste abandonne complètement la base matérielle; il reconnaît que l'Esprit et son expression constituent la seule substance. Pour guérir il faut s'attacher au fait que l'Esprit est tout et qu'en conséquence la matière ne possède aucune réalité, car dès l'origine la matière est simplement une illusion trompeuse. L'une des choses très importantes découvertes par Mrs. Eddy, c'est la nature de la matière. Elle se rendit compte de cette vérité: parce que l'entendement charnel ou mortel correspond à l'hypnotisme ou au magnétisme animal, la matière est l'illusion mentale de ce prétendu entendement. Dans n'importe quel cas, la fausse conscience doit céder à la conscience réelle ou à l'Entendement divin; et la Science Chrétienne accomplit cette transformation qui guérit le patient.
Si le Scientiste n'excluait pas de sa pensée la matière au lieu de vouloir agir sur elle ou la modifier, son traitement deviendrait hypnotique, et lui-même ne serait plus capable de guérir spirituellement. Mais quand le Scientiste Chrétien s'attache au concept spirituel de l'homme parfait et affirme que l'homme manifeste la santé, la pureté, l'intégrité, l'amour inhérents à Dieu, le patient commence à s'éveiller du rêve hypnotique de l'entendement mortel. Les forces de l'Entendement divin qui sont régénératrices entrent à flots dans sa pensée, et il se trouve être un humain meilleur, plus robuste. Le traitement n'a pas laissé de vide mental. Dans une certaine mesure l'erreur a fait place au vrai, et le voile qui cachait la réalité se dissipe.
Dans sa parabole de l'esprit impur, Jésus le Christ mettait sans doute en garde les humains qui se proposaient de guérir par des méthodes mentales sans avoir recours à l'Entendement. Le Maître nous montre cet esprit qui, après être sorti d'un homme, cherche le repos. N'en trouvant point, l'esprit impur retourne dans sa maison qu'il trouve « balayée et ornée. » Alors il « prend avec lui sept autres esprits plus méchants que lui. Ils entrent là et y demeurent. » En conclusion, Jésus dit (Luc 11:26): « La dernière condition de cet homme devient pire que la première. »
A la page 104 de Science et Santé, Mrs. Eddy déclare: « L'hypnotiseur se sert d'une erreur pour en détruire une autre. S'il guérit la maladie par une croyance, et si une croyance fut primitivement la cause de la maladie, c'est un cas où l'on voit la plus grande erreur triompher de la plus petite. Cette plus grande erreur occupe désormais le terrain, laissant le cas pire qu'il ne l'était avant d'être tombé entre les mains de la plus forte erreur. » Ce qu'on pourrait improprement appeler l'hypnotisme bénéfique est une erreur, car aucune théologie n'est requise dans sa méthode. Il n'exige point la régénération morale du patient, l'apaisement de ses craintes ou de ses croyances matérialistes. Mais la méthode chrétiennement scientifique requiert comme théologie la Vérité. En conséquence cette méthode stimule la spiritualité, de sorte que la maison ou conscience du patient se trouve avoir pour meubles les éléments et les qualités de l'être réel. Sa réalisation de l'individualité spirituelle est fortifiée, non pas affaiblie par la Science. Aussi dépend-il moins des mortels et s'appuie-t-il davantage sur Dieu — sa vraie source.
Si l'on réfléchit au contraste entre les procédés hypnotiques et la méthode de la Science qui guérit en obéissant au Christ, on doit certes s'apercevoir que dans le premier cas les périls abondent tandis que dans le second les avantages sont nombreux. En Science Chrétienne, le patient reconnaît de mieux en mieux la santé et l'innocence de l'homme créé à l'image du Père céleste. Ceci l'aide dans les efforts qu'il fait pour sortir du rêve de la vie dans la matière. Il bâtit en vue de l'éternité. Il fait appel à l'Entendement infini pour être gouverné par la volonté divine, et cet Entendement révèle l'ordre parfait des cieux.