Parce que la Science Chrétienne semble s'écarter radicalement de la théologie classique, elle est parfois critiquée par ceux qui ne la comprennent pas. Personne, peut-être, n'a plus durement attaqué Mary Baker Eddy que Mark Twain (Samuel Clemens). Toutefois, il put également confier à son biographe, Albert Bigelow Paine: « La Science Chrétienne est le plus grand bienfait imparti à l'humanité... Elle [Mrs. Eddy] est le bienfaiteur de cet âge. » Cité de Robert Peel, Mary Baker Eddy: The Years of Authority (New York: Holt, Rinehart and Winston, 1977), p. 205;
L'autorité qui gouverne l'Église fondée par Mrs. Eddy n'est ni une personne ni une hiérarchie, mais son ouvrage, le Manuel de L'Église Mère. Il institue Le Conseil des Directeurs de la Science Chrétienne, Conseil qui s'occupe des affaires de La Première Église du Christ, Scientiste, à Boston, Massachusetts. Mais c'est le Manuel qui est investi de l'autorité, c'est lui qui sert de fondement à l'organisation et au fonctionnement de l'église. Le Manuel édicte: « Chaque Église du Christ, Scientiste, aura sa propre forme de gouvernement. » Man., Art. XXIII, Sect. 1; Il stipule également: « Dans la Science Chrétienne, chaque église filiale sera nettement démocratique dans son gouvernement, et aucune personne, ni aucune église ne s'immisceront dans ses affaires. » ibid., Art. XXIII, Sect. 10;
Dans une Église du Christ, Scientiste, on n'ordonne pas de ministre du culte. Deux laïcs, les Lecteurs, souvent un homme et une femme, lisent une Leçon-Sermon hebdomadaire, tirée du Livret Trimestriel de la Science Chrétienne. L'un d'eux lit la Bible et l'autre des passages de Science et Santé de Mrs. Eddy, passages qui mettent en lumière le sens spirituel des Écritures. Ces deux livres sont le pasteur. Ces ouvrages, ainsi que les autres écrits de Mrs. Eddy, sont les seuls que les Scientistes Chrétiens utilisent pour étudier la Science Chrétienne.
En plus des services du dimanche, de l'École du Dimanche et d'un service annuel d'Actions de Grâces, les églises de la Science Chrétienne tiennent des réunions le mercredi soir. Au cours de celles-ci, les assistants témoignent des guérisons obtenues grâce à la prière. Toutes ces réunions sont ouvertes au public.
Chaque église aura une Salle de Lecture, ouverte à tous, où l'on peut lire, emprunter ou acheter la Bible et les publications de la Science Chrétienne, et où chacun peut se rendre pour y étudier et y trouver l'inspiration spirituelle. Bien qu'il n'y ait pas de missionnaires, des conférenciers autorisés donnent des conférences publiques sur la Science Chrétienne.
Ni activité sociale ou politique, ni cérémonie nuptiale ou funèbre ne se déroulent dans les Églises du Christ, Scientiste. Dans les églises de la Science Chrétienne, il n'y a ni fonts baptismaux ni cérémonial de baptême, car en Science, le baptême n'est pas un acte symbolique accompli une fois pour toutes dans l'existence. C'est plutôt la purification continuelle de la pensée dans la vie quotidienne. Christ Jésus a dit: « C'est l'esprit qui vivifie... » Jean 6:63;
La Société d'Édition de la Science Chrétienne édite les périodiques de l'Église. Leur parution est quotidienne, hebdomadaire, mensuelle et trimestrielle. Le Livret Trimestriel de la Science Chrétienne contient les Leçons-Sermons hebdomadaires, qui sont non seulement lues le dimanche, mais également étudiées au cours de la semaine précédente. The Christian Science Journal, le Christian Science Sentinel et Le Héraut de la Science Chrétienne publient des témoignages de guérison ainsi que des articles et des éditoriaux traitant de la façon dont la Science Chrétienne s'applique à une grande variété de sujets. Le Journal donne également la liste des églises, des Salles de Lecture, des Organisations de la Science Chrétienne dans les universités, ainsi que le répertoire des praticiens de la Science Chrétienne et des nurses de la Science Chrétienne. Le Héraut, dans lequel figurent des listes semblables, est publié dans un certain nombre de langues. The Christian Science Monitor est un journal quotidien; au nombre de ses abonnés figurent des gens appartenant à toutes les confessions et à tous les domaines d'activité — beaucoup d'entre eux occupant des postes de responsabilité à travers le monde.
Quiconque est âgé de douze ans ou plus et croit aux enseignements de la Science Chrétienne tels qu'ils sont expliqués dans la Bible et les écrits de Mrs. Eddy peut déposer une demande afin de devenir membre de L'Église Mère. Avant de déposer cette demande, il est nécessaire, bien entendu, d'avoir cessé d'être membre d'une autre confession.
Le but pour lequel, dès l'origine, cette Église a été organisée n'a jamais changé. C'est « une église destinée à commémorer la parole et les œuvres de notre Maître, et à rétablir le christianisme primitif et son élément perdu de guérison » Man., p. 17..
