Comme l’indique le statut suivant du Manuel de L’Eglise Mère, Article XXVIII, Section 1 : « Il y aura un Conseil d’Instruction sous l’égide de Mary Baker Eddy, Présidente du Massachusetts Metaphysical College, composé de trois membres, un président, un vice-président et un professeur de Science Chrétienne. »
Mary Baker Eddy décrit ainsi l’origine du Conseil d’Instruction dans son livre La Première Eglise du Christ, Scientiste, et Miscellanées, à la page 246 : « Alors que je révisais “Science et Santé avec la Clef des Ecritures”, la lumière et la puissance de la convergence divine de l’esprit et de la Parole apparurent et eurent pour résultat la création d’un auxiliaire du Collège, sous le nom de Conseil d’Education de L’Eglise Mère, L’Eglise du Christ, Scientiste, à Boston, Massachusetts. »
La première responsabilité du Conseil d’Instruction est de dispenser tous les 3 ans le Cours normal destiné à préparer et à autoriser les nouveaux professeurs de Science Chrétienne, et d’offrir un soutien au Conseil des directeurs de la Science Chrétienne dans la composition de la classe.